15 октября 2018 года, Священный Синод Русской Православной Церкви под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла постановил освободить от должности ректора Екатеринбургской духовной семинарии протоиерея Николая Малету и назначить на эту должность иеромонаха Корнилия (Зайцева) (журнал № 92).
Иеромонах Корнилий (Зайцев) в 2010 г. окончил Московскую духовную семинарию, защитив дипломную работу на кафедре богословия на тему: «Святые отцы и церковные писатели о человеческой дружбе». В августе 2010 г. был зачислен в магистратуру Московской духовной академии. В декабре 2010 г. окончил Московский государственный гуманитарный университет им. М. А. Шолохова по специальности «Теология». В 2012 году успешно защитил магистерскую диссертацию и окончил магистратуру Московской духовной академии (с присуждением квалификации «богослов» и степени магистра богословия). В 2016 году защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата богословия на тему: «Учение святителя Феофана, Затворника Вышенского, о душе человека в контексте православной антропологии».
24 февраля 2009 г. был пострижен во чтеца ректором МДА архиепископом Евгением. 30 марта 2012 г. в Троицком соборе Свято- Троицкой Сергиевой Лавры был пострижен в монашество с наречением имени Корнилий, в честь преподобного Корнилия, чудотворца Комельского. 8 апреля 2012 г. был рукоположен в сан иеродиакона ректором Московской духовной академии архиепископом Евгением, в Семинарском храме прп. Иоанна Лествичника Троице-Сергиевой Лавры. 11 ноября 2012 года в Покровском академическом храме рукоположен в сан иеромонаха ректором московских духовных школ архиепископом Евгением. В Московской духовной академии преподавал Библейскую историю, Русскую патрологию и Актуальные вопросы изучения Русской патрологии. Долгие годы иеромонах Корнилий был заведующим учебным отделом Московской духовной академии.