На Епархиальном съезде в июне 1915 г. было вынесено постановление о возбуждении ходатайства перед Св. Синодом об открытии в г. Екатеринбурге духовной семинарии в составе 6-ти классов. Епископ Екатеринбургский и Ирбитский Серафим (Голубятников) направил ходатайство в Синод. 17 июня (по старому стилю, 30 июня по новому) 1916 г. был издан Указ императора Николая II об открытии в г. Екатеринбурге собственной духовной семинарии с начала 1916/1917 учебного года.
Первый выпуск состоялся 1 марта 1918 г. Всего окончило курс семинарии 17 воспитанников.
14 (н. ст.) июля 1919 г. 28-я стрелковая красноармейская дивизия под командованием В. М. Азина заняла г. Екатеринбург. После этого все духовные учебные заведения города, а с ними и духовная семинария были закрыты. В здании семинарии был размещен госпиталь, а 19 июня 1920 г. Народный комиссариат по здравоохранению передал здание духовного училища, а также старое и новое здания Епархиального женского училища в ведомство организационного комитета Уральского государственного университета.
С 1935 по 1940 гг. производилась реконструкция здания семинарии, были надстроены 4-й, 5-й и 6-й этажи. С 1941 по 1948 гг. в этом здании был размещен один из корпусов 217-го завода (ныне УОМЗ), эвакуированного из Москвы. В 1967 г. здание было передано Свердловскому институту народного хозяйства (СИНХ). В настоящее время оно является одним из корпусов Уральского государственного экономического университета.
В 1994 г. деятельность Екатеринбургских духовных школ была возобновлена сначала как духовное училище, а с 2001 г. как семинария. Сегодня Екатеринбургская духовная семинария переживает новый этап своего развития и начнет 2026/2027 учебный год в новом здании в г. Верхняя Пышма.